Zaštita ekoloških sustava se prema Zakonu o zaštiti prirode (NN 70/05) ostvaruje provođenjem mjera očuvanja biološke raznolikosti u korištenju prirodnih dobara i uređenju prostora, te zaštitom stanišnih tipova.

Očuvanje biološke raznolikosti šuma u gospodarenju šumama osigurava se na načelima održivog razvitka i održavanja prirodnog sastava vrsta i njihove prirodne obnove. Pošumljavanje, gdje to dopuštaju uvjeti staništa, obavlja se autohtonim vrstama drveća u sastavu koji odražava prirodni sastav, koristeći prirodi prilagođene metode uz dopuštenje Ministarstva.

Krški ekološki sustavi predstavljaju prirodne vrijednosti od međunarodnog značenja. Planovima gospodarenja prirodnim dobrima u krškom području utvrđuje se mogući utjecaj na krški ekološki sustav uz prethodnu suglasnost Ministarstva.

Speleološki objekti su u vlasništvu Republike Hrvatske. Otkriće svakog speleološkog objekta ili njegovog dijela prijavljuje se Ministarstvu u roku od 15 dana. Zabranjeno je oštećivati, uništavati i odnositi sigovine, živi svijet speleoloških objekata, fosilne, arheološke i druge nalaze te mijenjati stanišne uvjete u objektu, njegovom nadzemlju i neposrednoj blizini. Za sve aktivnosti u speleološkom objektu potrebno je prethodno ishoditi dopuštenje Ministarstva.

Vlažna staništa, uključujući vode, predstavljaju prirodne vrijednosti u smislu ovoga Zakona, te ih treba očuvati u prirodnom ili doprirodnom stanju. U vlažnim staništima nije dopušteno pregrađivanje vodotokova, isušivanje, zatrpavanje ili mijenjanje izvora i ponora, bara i dr. ako se time ugrožava opstanak prirodnih vrijednosti i očuvanje biološke raznolikosti.

Aktivnostima na moru i u podmorju ne smiju se ugrožavati, oštećivati niti uništavati morska staništa.
Radi očuvanja biološke raznolikosti travnjacima se gospodari putem ispaše i režimom košnje, prilagođenim vrsti travnjaka, uz prirodi prihvatljivo korištenje sredstava za zaštitu bilja i mineralnih gnojiva.
Na oranicama treba očuvati vrijedna i ugrožena rubna staništa (živice, pojedinačna stabla, skupine stabala, bare i livadne pojaseve).

Ekološka mreža je sustav međusobno povezanih ili prostorno bliskih ekološki značajnih područja, koja uravnoteženom biogeografskom raspoređenošću značajno pridonose očuvanju prirodne ravnoteže i biološke raznolikosti. Njezini dijelovi povezuju se prirodnim ili umjetnim ekološkim koridorima.  Ekološku mrežu na prijedlog Ministarstva proglašava Vlada.

Ekološki značajna područja su:
– područja koja su biološki iznimno raznovrsna ili dobro očuvana, a koja su međunarodno značajna po mjerilima međunarodnih ugovora kojih je Republika Hrvatska stranka,
– područja koja bitno doprinose očuvanju biološke i krajobrazne raznolikosti u Republici Hrvatskoj,
– područja stanišnih tipova koji su ugroženi na svjetskoj, europskoj ili državnoj razini,
– staništa vrsta koje su ugrožene na svjetskoj, europskoj ili državnoj razini;
– staništa endemičnih svojti za Republiku Hrvatsku,
– područja koja bitno pridonose genskoj povezanosti populacija bioloških vrsta (ekološki koridori),
– selidbeni putevi životinja,
– očuvane šumske cjeline.
Nisu dopuštene radnje koje mogu dovesti do uništenja ili neke druge znatne ili trajne štete na ekološki značajnom području.

Međunarodno ekološki značajno područje je ono područje koje na temelju međunarodnih standarda utvrdi Vlada uredbom te osigura zaštitu određenim režimom zaštite, sukladno odredbama Zakona.

Državni zavod za zaštitu prirode vodi katastar ekoloških sustava te prati stanje i ugroženost staništa.